Um aplicativo empresarial é um conjunto de módulos EJB e de módulos de aplicação Web configurados para trabalharem juntos quando implantados em um servidor do aplicativo Java EE. o aplicativo empresarial contém informações sobre como os módulos trabalham entre si.
O aplicativo empresarial contém também informações sobre como os módulos trabalham com o servidor do aplicativo no qual está implantada. Por exemplo, se beans de entidade usarem persistência gerenciada por recipiente, o aplicativo empresarial diz ao servidor do aplicativo que serviços de transações serão necessários.
Um aplicativo empresarial não apresenta arquivos de origem próprios. Contém somente descritores de deployment e outros arquivos de configuração. No momento da compilação, são construídos e compostos arquivos de armazenamento (arquivos JAR e WAR) para cada um dos módulos do aplicativo empresarial dentro do arquivo de armazenamento empresarial (EAR - Enterprise ARchive). Esse arquivo é implantado para servidor do aplicativo.